颁布新学制是新教育体制的另一个重要内容。1912年9月3日，教育部公布了《学校系统令》，因该年是壬子年，史称壬子学制；次年，又陆续颁布了《学校令》，后经过调整和综合，制定了一个统一的学制系统，称为“壬子癸丑”学制。
从纵向上看，这个学制，将整个教育期限规定为17年或18年，分为三段四级。初等教育二级，初等小学4年，为义务教育，毕业后入高等小学或实业学校；高等小学3年，毕业后入中学或师范学校或实业学校；中学教育4年，毕业后入大学或专门学校或高等师范学校；大学6～7年，即预科3年，本科3～4年。从横向上看，该学制也分成三个系统：普通教育、师范教育和实业教育系统。师范教育分为师范学校和高等师范学校两级，相当于中等和高等教育阶段；实业教育分乙种和甲种实业学校，相当于高小和中等教育阶段，专门学校则相当于高等教育阶段。
1912年9月，教育部又颁布《小学校令》、《中学校令》、《大学令》、《专门学校令》和《师范学校令》及各种施行规则，对各级学校的教育宗旨、入学资格、年龄、课程和修业年限也都作了明确规定和具体要求。
第一，小学教育以留意儿童身心发育、培养国民道德之基础并授以生活所必需知识技能为宗旨；分初等和高等小学两级，初等小学的科目为修身、国文、算术、手工、图画、唱歌和体操；高等小学的科目为修身、国文、算术、本国历史、地理、理科、手工、图画、唱歌和体操；担任小学教员者须有许可证，不得对学生进行体罚。